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厚生労働省は、2006年第3四半期〈7月3日〜10月1日〉のエイズ患者・感染者情報を発表した。それによれば新規ＨＩＶ感染者数と新規ＡＩＤＳ患者数のいずれも過去2番目に多いことがわかった。また2006年１月〜9月の間に献血によって認められたＨＩＶ抗体核酸増幅検査陽性の割合も増加傾向にあった。
第3四半期〈7月3日〜10月1日〉の新規ＨＩＶ感染者報告数は２３３件（男性２１４件、女性１９件）、新規ＡＩＤＳ患者報告数は１０７件（男性９３件、女性１４件）でいずれも過去2番目に多かった。日本国籍男性の感染者・患者数は２８６件（ＨＩＶ１９７件、ＡＩＤＳ８９件）で男性が大多数を占めたが日本国籍女性の感染者・患者数は２３件（ＨＩＶ１３件、ＡＩＤＳ１０件）で前回の１４件より増加していた。
累計では新規ＨＩＶ感染者が８０７１件、新規ＡＩＤＳ患者が３９４９件となる。しかしこれは氷山の一角で実際は３万人以上の感染者がいるものと専門家は考えている。
感染経路では新規ＨＩＶ感染者に占める同性間性的接触は５８％であった。新規ＡＩＤＳ患者に占める同性間性的接触と異性間性的接触の割合は３９件の同数であった。
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